2003年，许宗衡再次晋升，他离开组织系统，进入深圳市政府任常务副市长，2005年接替李鸿忠，任中共深圳市委副书记，市人民政府市长、党组书记至今。

      党务系统主要以党务工作为主，而政府系统是以抓经济、城市管理为主，能成功跨越这两个完全不同的系统，实非易事。《南方都市报》2005年报道，许宗衡当选市长，实现了从党务系统向政府“一把手”的成功跨越，不仅是广东省的第一人，计划单列市的第一人，在全国也很罕见。

      从汽车修配厂的一名中专技术员，到我国改革开放的前沿——— 深圳特区市政府的一把手，同时还被选为第十一届全国人大代表、十届广东省委委员，许宗衡多年来政坛生涯一路坦途，人称“低调的黑马”。主政深圳期间，许宗衡一直推行“强势政府”，2008年金融危机引发深圳楼市低迷，许宗衡在争议中高调宣布深圳不会出台政策“拯救楼市”。此外，许力促深圳官员接受审计评议，让一批审计不合格的官员直接下岗。直到出事之前，其雷厉风行的执政风格一直受到很多人的肯定。

      从近期公开发布的新闻来看，和其他被双规的问题干部不同，许宗衡直到最近几天，还在出席公开活动：6月3日，许宗衡到深圳新闻网演播室，就“文明城市创建”与网友进行了长达一个多小时的互动，并参观了网站工作平台，与年轻编辑谈话交流;6月4日，出席深圳市政府与美国思科集团的签约仪式，并以市长身份在会上致辞。